A súa misión é promover o desenvolvemento das cooperativas mediante o fortalecemento das capacidades institucionais, o posicionamento exitoso no mercado cafetalero, a representación e a incidencia nas políticas cara ao sector dos pequenos produtores de café, con procesos que aseguran a participación, equidade de xénero, transparencia, calidade e sustentabilidade.
A maior parte do café orgánico e o café de Comercio Xusto de Nicaragua está concentrado nas organizacións asociadas a Cafenica. Estas producen o 15% e exportan o 12% da produción total de Nicaragua.